Mikhail Agafonov studierte in seiner Heimatstadt Moskau Gesang. 1993 wurde er Ensemblemitglied am Bolschoi Theater. 1996 sang er in Tallin Rodolfo (Puccini „La Bohème), 1997/98 in Stockholm und Berlin Pollione (Bellini „Norma“). Er gastierte in London und war 1999-2001 als Ensemblemitglied an der Wiener Volksoper. 2002/03 wurde er ans Nationaltheater Mannheim engagiert. Sein Repertoire umfasst Partien wie Radames (Verdi „Aida“), Gustavo (Verdi „Un ballo in maschera“), Manrico (Verdi „Il trovatore“), Cavaradossi (Puccini „Tosca“), Gabriele Adorno (Verdi „Simon Boccanegra“) und Enée (Berlioz „Les Troyens“). Des Weiteren gastierte an der Königlichen Oper in Stockholm, in Toronto, an der Wiener Staatsoper, Opéra National de Paris, Sächsischen Staatsoper Dresden, am Royal Opera House in London, in Tel Aviv und beim Edinburgh Festival. An der Deutschen Oper am Rhein war er zuletzt als Rodolfo zu sehen und wird 2011/12 als Pinkerton (Puccini „Madame Butterfly“) und Canio (Leoncavallo „Pagliacci“) zu erleben sein.